Der Frauennerfling kommt in schnell fließenden Seitenflüssen der Donau vor. Im deutschen Raum findet man ihn daher in Baden-Württemberg und Bayern. Während er in Baden-Württemberg schon länger ganzjährig geschont war, galt in Bayern zuletzt eine Schonzeit vom 1. März bis zum 30. Juni. Nun hat jedoch auch der Freistaat nachgezogen und den Frauennerfling über das ganze Jahr geschützt.
Frauennerfling ist schwer von anderen Arten zu unterscheiden
Der Frauennerfling wird häufig mit anderen Fischarten wie Aland und Rotauge verwechselt. Von ersterem unterscheidet er sich durch die geringere Anzahl an Schuppen in der Seitenlinie. 40 bis 49 sind es beim Frauennerfling, 55 bis 60 beim Aland. Außerdem sind die Schuppen dieser Art größer als die des Alands. Das Rotauge ist deutlich hochrückiger als der Frauennerfling. Außerdem ragt die zurückgelegte Rückenflosse bis hinter den Ansatz der Afterflosse. Zudem hat der Nerfling ein leicht unterständiges Maul mit leicht leicht vorfallendem Oberkiefer. Aland und Rotauge haben hingegen ein endständiges Maul.
Wirtschaftlich ist der Frauennerfling so gut wie ohne Bedeutung. Er ist kein Speisefisch und findet in der Küche wenig bis keine Verwendung. Die Bestände dieser Art gehen seit Jahren zurück, in Österreich steht sie auf der Roten Liste und ist vom Aussterben bedroht. Der Grund dafür liegt allerdings nicht etwa in Überfischung, sondern vor allem in der Verschmutzung der Gewässer. Durch Begradigungen und andere Eingriffe fehlen geeignete Laichstrukturen für die Fische, und Altwasserbereiche sind teils vom Fluss abgeschnitten. Ohne umfassende Renaturierungsmaßnahmen im Einzugsgebiet der Donau dürfte es schwer sein, den Bestand langfristig zu erhalten.